提升忍者熟练度，最直接的方法就是多参与实战对决。在忍术对决中每击败一个对手可以增加25分，而在段位赛中击败一个对手则能获得100分，效率是前者的四倍。优先选择段位赛来刷熟练度是最划算的。熟练度只会加在实际击败对手的忍者身上，未登场的忍者不会获得分数。如果能在段位赛中完成穿三，一次就能拿到300分，效率非常高。
除了常规的段位赛和忍术对决，无差别对决也能增加熟练度，但加分规则和忍术对决一样，每击败一个对手加25分。虽然无差别对决不是常驻玩法，但偶尔返场时也可以利用起来。每个月底段位结算后的几小时是刷熟练度的黄金时间，这时候打段位赛不会影响积分，但熟练度仍然会正常增加，可以放心使用冷门忍者来练习。
熟练度的提升不仅取决于击败对手的数量，还和造成的伤害、生存时间等因素有关。如果只是蹭到一点伤害就退场，获得的分数会按比例减少。尽量让目标忍者承担更多输出任务，比如放在阵容最后一位来收割残局。如果想快速刷称号，可以优先把20个忍者练到1级熟练度，拿到熟练度达人称号，而更高级的称号则需要大量时间投入。
可以选择在低段位练习冷门忍者，这样对手强度相对较低，更容易打出高伤害和连招。多观察高手对战，学习他们的操作技巧和连招思路，也能帮助更快掌握忍者的特性。熟练度系统虽然需要花时间，但慢慢来总会看到进步。
