防御部队的配置与战术运用是确保基地安全的核心。首先需要明确防御编队的组成规则，基地最多可派出四个编队应战，每个编队对应一辆运兵车。防守方的部队需提前在建筑防御中心中设定出战顺序，未进入编队的士兵不会参与战斗。若防守失败，部分士兵会受伤，且基地耐久值将受到破坏，归零时基地会随机迁移至战区内。合理分配防御编队是抵御进攻的第一步。
防御部队的兵种搭配需兼顾攻防平衡。近战兵种如刀锋和猎鹰适合冲锋陷阵，凭借高生命值和机动性吸收伤害；远程兵种如射手和火箭兵则提供稳定的火力支援，尤其火箭兵的群体伤害能有效应对密集敌人。特殊兵种如医疗兵和工程师不可或缺，前者能恢复部队生命值，后者可建造防御设施增强阵地。注意兵种间的协同，例如将高防御单位置于前排，后排布置输出和治疗单位，形成梯次防御。
防守方需利用地形和编队顺序优势，例如将坦克类兵种作为首支迎战编队，拖延时间并为后排创造输出环境。若敌方以空军为主，需提前配置对空单位如狙击手或改装车。战斗中防守编队按设定顺序出战，任一编队胜利即可判定防守成功，因此需确保每支编队具备独立作战能力，避免因单一弱点导致全线溃败。
资源与科技对防御能力的提升不可忽视。升级防御类建筑如守备大厅和协同作战室能直接增强部队属性，而战区表彰科技中的勇气徽章应优先投入防御增益项目。平时需囤积加速道具和资源，用于任务期间爆发式升级。加工厂和病毒研究所的等级影响抗毒能力，间接保障防御稳定性。注意资源分配不宜过度倾斜，避免影响其他发展维度。
