要开启荒海地下密室，首先需要传送到荒海陆地上的传送锚点，然后向前方樱花树的井中飞去并下井。下井后会正对鸟居，向左走，在看到灯后继续向左，即可找到解密机关。解密成功后，旁边宝箱位置会出现入口，进入后前行并登上楼梯，向后看会发现第二个解密机关。完成第二个解密后朝出口外走，下楼梯开门并顺着路前进，即可看到传送锚点。解锁锚点后继续向前，会到达机关阵列，朝地图上秘境方向前进，找到另一处解密。此处解密需要首位相连并点亮所有格子，完成后点击启动即可解锁秘境。
进入荒海地下密室的前置条件是完成神樱大祓任务。在绀田村找到戴狐狸面具的NPC对话开启任务，跟随指引前往荒废神社完成调查后，会获得关键道具留念镜。该道具用于观察地狐雕像并激活隐藏机关。在地下密室探索过程中，需注意部分机关必须使用留念镜照射小狐狸雕像才会显现，尤其是涉及镇物放置和结界解谜时。雷种子等级不足的玩家需提前提升等级，否则无法穿过部分雷屏障。
荒海地下水位下降需要通过两处雷立方机关解密。第一处位于神樱大祓结界右侧，面朝雷立方攻击右上角机关，接着攻击左下角机关两次，最后再次攻击右上角机关。解密成功后水位会下降一层，跳入旁边小洞向前游，注意体力消耗。第二处雷立方机关位于台阶上方，攻击中间立方两次使所有机关朝后亮起，水位完全下降，可进入密室底层区域。部分玩家遇到机关状态异常时，可通过退出游戏重进重置为初始状态。
密室底层存在多个雷神瞳收集点，其中较难获取的是需要雷种子搭配雷极移动的雷神瞳，以及隐藏在砂流之庭瀑布岩石上的雷神瞳。探索时建议携带雷元素角色激活雷极，同时注意遗迹机兵和武士守护的宝箱挑战。最终秘境千门虚舟的解锁需要完成两处地砖谜题，第一处要求不触碰蓝光地砖走完全部路径，第二处需按特定路线点亮所有地砖。
