解锁并使用指挥官，你需要完成名为第二场梦的系列任务，这是游戏剧情的关键转折点，完成后就能按5键召唤出指挥官了，不过此时的指挥官能力还比较基础，只能在战甲旁边活动。完成第二场梦后，接下来必须进行的是内战任务，这个任务会让指挥官获得独立行动的能力，可以自由移动和战斗，从而成为一个能真正脱离战甲作战的重要角色，同时这也是指挥官与战甲之间关系的重要剧情节点。
完全解锁指挥官的潜力则需要完成夜羽系列任务，这会开放专精系统，让你为指挥官学习五种不同流派的强大虚空能力，每种专精流派都各有特色，你需要根据自己的战斗风格来选择发展方向并进行升级。指挥官拥有独立的武器系统称为增幅器，你需要通过地球或金星平原的声望获取棱镜、支架和护手等部件蓝图来制作和组合，不同的部件搭配会影响射速、暴击或范围伤害等属性，以适应不同的战斗场景。
指挥官的核心技能是虚空模式，在此状态下指挥官隐身且无敌，常被用于高级地图中安全地操作控制台或破解数据模块，其虚空冲刺技能可以无视敌人碰撞体积并击飞敌人，在拦截任务或赶路时非常实用，同时每次冲刺击中敌人都能回复能量。
指挥官的任务还涉及一些高级游戏内容，例如在奥影母艇任务中，母艇的力场会迫使你使用指挥官或殁世机甲进行战斗，你需要用指挥官破坏母艇周围的共鸣者才能对其造成伤害，在应对Sentient系敌人时，指挥官增幅器的虚空属性伤害能发挥天然的优势。
