移除作物主要分为主动收割和被动清理两种方式。主动收割需要使用镰刀工具，装备后点击成熟作物即可清除，收割后的作物会进入玩家背包。未成熟的作物同样可用镰刀清除，但不会获得产物。若作物因季节更替枯萎，镰刀清除后仅能获得纤维。部分特殊作物如巨型农作物需使用斧头砍伐，可一次性获得15-21个无星级产物。
枯萎作物是换季时的常见现象，游戏内所有非跨季作物在季节交替时会自动枯萎。查看种子信息栏可确认其适宜种植季节，标注换季会枯萎的作物需避免在季节末种植。枯萎作物需及时清理，否则会占用耕地且无法自动消失。使用镰刀清理枯萎作物仅能获得纤维，但可快速腾出耕地为下一季节做准备。若规划合理，冬季是清理和重新布局农场的理想时机，因杂草与野生作物生长停滞。
对于非作物类障碍如灌木丛或岩石，移除方式有所不同。灌木丛需铁级或更高级别的斧头砍伐，玩家需先通过矿洞获取铁矿石并熔炼成铁锭，再找铁匠升级工具。岩石需使用十字镐破坏，不同等级的十字镐可提高效率。移除这些障碍后，地块可转为耕地或建筑区域。需注意，果树一旦种植便不可移动，移除只能通过砍伐，且会永久失去该果树。
游戏机制中还存在任务驱动的特殊移除需求。例如完成鱼缸献祭任务后，矿井入口旁的巨型卵石会自动消失；罗宾丢失的斧子任务需在煤矿森林的下水道管道附近找到并归还。此类移除需遵循特定剧情或任务链，无法通过常规工具解决。部分装饰性物品如草坪可通过畜牧或宴会间接清理，牛羊会啃食草坪，宴会布置则会覆盖原有植被。
