水闸门关卡通常涉及水位控制、木筏操作和绳索箭矢的运用。以古老水道古墓为例，首先需要来到入口处，目标是进入箭头所指平台上的门口。先下到坑内将木筏踢到水流处，用绳索箭矢将木筏与前方门上的绳索桩连接。回到上方拉动开关将水填满，门会被木筏拉开，跳入水中从拉开的门中游进去。
进入内部后需要凿开被封堵的缝隙穿进去，在水中拉动墙上的水闸将水放空。这一步骤完成后需做好战斗准备，用绳索箭矢将木栅门拉开，会有变异人冲出来攻击，必须将其消灭。将水坑里的木筏从开启的木栅门处踢进门里，并使其靠近左侧上方入口。从门洞游进木筏的房间，通过木筏跳上入口，再利用绳索箭矢将内侧的木栅门拉开。
遇到更多变异人时需要全部消灭，然后来到水坑另一边拉动开关将水位提高。站在木筏上用绳索箭矢将木筏和前方水车转轴相连，木筏会被拉近水车，在靠近后跳上水车转轴所高台。用绳索箭矢将右上方拉环和水车转轴相连，此举主要是为了引出两个变异人弓箭手，需要及时将其击杀。以下操作具有一定时限，尽量不要耽搁。
待木筏被拉近水车后，再次用绳索箭矢将右上方拉环和水车转轴相连，然后迅速跳上木筏。当木筏移动到中央高台时立即跳上高台，沿着高台上的木板爬上高处。要抓住时机，趁着木箱尚未降下去时利用它跳到对面遗迹入口，至此水闸门关卡的主要流程完成。整个过程需要精确控制水位变化与木筏移动的时机，任何操作延迟都可能导致需要重新开始。
在苏联设施古墓的水闸关卡中，操作方式略有不同。需要从铜矿工厂上层平台跳下，用控制台打开铁门后沿矿坑通道前进。走到坑道末端滑索道下去，来到下层被水淹没的矿坑时选择右边岔路。拾取瓶子和布料制作燃烧瓶，将燃烧瓶从漏水的管道上方以抛物线轨迹抛过去，避免火焰被水流熄灭，这样才能烧开障碍物继续前进。
矿坑中的水流关卡还需注意矿车的运用。在特定位置能找到隐秘的拉绳，将小矿车推出后连接到绳柱上，最后拉动矿车使其撞击水流即可解决问题。这类水闸关卡的核心思路是通过环境互动改变水位或破除障碍，需要仔细观察场景中的可互动元素，包括绳索桩、拉杆、可移动物体等。
