秘鲁丛林的主线任务围绕寻找约拿展开，途中需穿越多个分支路径。在初始水潭区域，建议优先收集周边资源箱和药草，包括硬木、羽毛及感知药草，这些材料对后续装备升级至关重要。丛林中的陷阱主要分为绊网和坍塌地板两类，遇到后者需快速反应跳跃至安全区域。部分宝箱被树枝遮挡，需后期获得相应工具才能开启。
该区域的古墓挑战需要分阶段完成机关解谜。审判凝视古墓的入口处设有旋转机关，转动至正确位置会自动停止，需记住左右两侧图案提示。冥界之门古墓则要求玩家利用绳索箭矢破坏封门木栏，并切断左侧机关绳索。独石碑谜题需提升克丘亚语言等级至专业水平才能解读，破译后可获得宝藏位置线索。
秘鲁丛林的收集要素分布密集，包含23类物品。飞行日志、羊驼雕像等遗物多隐藏在岩壁洞穴或水下区域；文献类如杰克的日记分散在六个位置，需注意破损木箱和石缝等隐蔽点。挑战任务射落鸟巢要求击碎四个拟椋鸟巢，其具体坐标位于树冠层东南侧枝干。完成度达100%需额外探索墓穴中的壁画与石棺。
水流机关是区域核心解谜环节，需与约拿协作完成。首先启动塔顶机关释放水流，随后推动底部破损容器引导水流方向。在容器失去平衡前，需快速射击指定绳圈完成连接。该谜题考验操作时序把控，失败后需重新调整容器位置。最终通过机关桥抵达洞穴，学习墙壁攀爬与下移技巧，这些技能将贯穿后续游戏进程。秘鲁丛林的战斗环节以潜行为主，建议利用高草丛隐蔽接近敌人。区域内美洲豹出没频繁，可制作毒箭应对。探索过程中注意存档点设置，部分悬崖跃迁点存在即死判定。
