江南百景图大运河分两处核心场景，一处在杭州府北部区域，为商栈专属水域，另一处在扬州府东城门外，是漕运玩法的专属入口。杭州府的大运河是地图最左上角贯穿的宽阔河道，整体呈横向延伸，宽度明显大于城内普通河道，辨识度极高。扬州府的大运河需通过漕运码头进入，修复东城门外的码头废墟后，点击即可跳转至独立的大运河漕运界面，与城市主地图分开显示。
杭州府大运河的核心作用是搭建商栈体系，商栈必须建造在运河旁，且建筑右上角三格需延伸至运河水面，满足3×1的水域占用条件才能正常运作。普通商栈可升级为文化、建材、特产、便民四种特殊商栈，每种都需在周边搭配对应四级店铺，文化商栈配画室、伞店、瓷器店，建材商栈配家具铺、瓦片店、花窗店，特产商栈配灯笼店、折扇店、团扇店，便民商栈配油店、药铺、成衣店。商栈运营后可产出大量铜钱与特殊资源，是杭州府经济收益的核心来源，摆放时需预留足够空间，确保水域与周边店铺布局不冲突，同时控制商栈数量，避免效果重叠。
扬州府大运河以漕运玩法为主，进入后可见完整的运河航线与多个码头节点，整体为可探索的水路地图。漕运核心道具是司南，每日完成任务可获取，转动司南能随机获得通航步数，步数决定船只行进距离，最多可累积99步。航行时点击相邻码头即可触发事件，包含探险、制作、农牧三类任务，完成后可获得篷布、大铁钉、粗麻绳等城市建设材料，还有玉石、粟米等扬州特产原料。部分码头会奖励连票，可解锁新航路与水闸，拓展探索范围，推进航线还能触发济宁府等区域的剧情，获取更多稀有奖励。
两处大运河玩法需搭配不同角色与建筑配置，杭州府商栈适合搭配理财、商业类特殊居民，提升商业收益效率，建筑布局要紧凑且预留水域空间，方便后续升级特殊商栈。扬州府漕运需优先培养农牧、制作、探险属性高的角色，快速完成各类码头任务，同时每日及时领取司南，合理规划航行路线，优先解锁高奖励码头与新航路。大运河相关玩法是江南百景图后期经济与资源获取的关键，熟练掌握两处场景的位置与玩法，能大幅提升城市发展速度，稳定获取各类稀缺物资与高额收益。
