神兽的分布位置是玩家探索的重要目标。火焰鸟作为火属性神兽固定刷新在火焰山的山顶，玩家打开地图很容易就能找到，但挑战或捕捉它需要一定实力，建议携带水属性宝可梦利用属性克制优势。闪电鸟则出现在无人发电站最深处，这只电属性神兽拥有高速度和强大特攻能力，使用地面类型技能可以有效抵抗其电系攻击。
急冻鸟位于双子岛深处，玩家需要乘坐小船到达双子岛后穿过森林，在瀑布处利用互动石头挡住水流才能发现隐藏山洞。这只冰/飞行属性的神兽等级约60级，技能控制能力出色，捕捉时建议使用火属性攻击削弱其HP。双子岛上还能遇到冰神柱，需要在滑冰场选择特定方向滑行并撞击石头才能触发其出现。
超梦作为人造神兽栖息在新岛的超梦山洞最深处，需要完成特定任务解锁区域。洛奇亚则出现在第八座彩虹岛右下角草坪，这只80级的神兽兼具超能系和飞行系属性，挑战前建议准备三个以上高级宝可梦。幽灵塔顶层的吉拉奇需要通过层层关卡并躲避暗器才能见到，而迪奥西斯在第九座彩虹岛完成拼图后会出现。
捕捉神兽时需注意战术准备，将目标血量压至红色状态并施加睡眠或冰冻异常状态能显著提高成功率。闪电鸟迷宫可沿左墙直走快速到达深处，火焰鸟战建议携带水系或岩石系宝可梦。无人发电厂、火焰山和双子岛作为主要神兽栖息地，探索时需备足精灵球和恢复道具。
神兽的属性和技能各有特点，合理搭配队伍属性克制关系是关键。火焰鸟怕水系技能，闪电鸟弱地面系攻击，急冻鸟对火系招式抗性较差。后期神兽如洛奇亚等级较高，需要充分培养队伍后再尝试挑战。携带会冲浪和攀瀑技能的宝可梦能更方便到达某些神兽所在区域。
完成四大天王剧情后，部分神兽如雷公会在关东地区草丛随机出现。彩虹岛系列需要按顺序探索，拼图解谜和特殊机关是触发迪奥西斯等神兽的必要条件。游戏中的战斗探测器可以帮助玩家反复挑战训练师积累经验，为捕捉高等级神兽做好准备。
