秘密结社是一种独特的游戏机制，玩家可以通过特定条件触发并加入四个不同的结社之一，每个结社提供不同的加成和玩法路线。加入结社后，玩家将获得一名特殊总督，并通过总督点数逐步解锁结社的四个等级，每个等级都会带来更强的效果。一旦选择结社便无法更改，因此需根据自身战略谨慎选择。
触发结社的方式包括清除蛮族营地、探访部落村庄、向城邦派遣使者或发现自然奇观。首次触发时会赠送1个总督点，可用于升级总督或结社能力。四个结社分别为弥涅耳瓦夜莺（侧重贸易与间谍）、黄金黎明学会（科技与伟人）、虚空吟唱者（信仰与忠诚度）和血色契约（军事与吸血鬼单位）。每个结社的升级效果与时代挂钩，中世纪解锁第二级，工业时代解锁第三级，原子能时代解锁第四级。
弥涅耳瓦夜莺适合注重外交和经济的玩家，其初期提供额外经济政策槽，中期强化商路和间谍能力，后期能通过间谍行动窃取敌方资源。黄金黎明学会围绕地脉资源展开，地脉能为区域提供相邻加成，后期通过伟人进一步强化产出。虚空吟唱者早期通过旧神方尖碑提供信仰和巨作槽，中后期能将信仰转化为科技与文化值。血色契约则专注于军事，提供可成长的吸血鬼单位及吸血鬼城堡，后者能将周围地块产出直接输送至首都。
升级结社需在总督界面使用总督点，注意时代限制。同一结社的文明结盟时可加速同盟点数增长，但不同结社的文明会因阵营对立降低好感度。结社的强度与游戏节奏密切相关，例如血色契约在高难度下能通过早期军事优势滚雪球，而黄金黎明学会需依赖后期爆发。玩家应根据胜利目标、文明特性和地图条件灵活选择，例如战狂文明适合血色契约，而文化胜利可优先考虑虚空吟唱者。
