命令与征服红色警戒3剧情围绕苏联时空篡改引发三方大战展开，起义时刻则承接盟军胜利结局，讲述战后三方势力博弈与未来科技阴谋，两条剧情线完整衔接，构成系列完整世界观。红色警戒3中，苏联为扭转败局启动时空实验，抹杀爱因斯坦以削弱盟军科技优势，却意外催生旭日帝国崛起，形成苏联、盟军、帝国三方混战格局，三方各有独立战役线，最终以盟军击败苏联与帝国、掌控世界收尾。起义时刻作为资料片，聚焦战后格局，苏联残余势力暗中反抗，帝国陷入军阀分裂，盟军内部被未来科技公司渗透，同时新增百合子外传揭露帝国超能力实验内幕，四条剧情线并行推进，完整补全战后故事脉络。
红色警戒3苏联线以逆转历史为核心，指挥官随查丹科与库可夫穿越时空抹杀爱因斯坦，回国后苏联迅速扩张，却遭遇帝国突袭，双线作战下艰难对抗，后期与盟军短暂结盟抗帝，最终可选择击败盟军与帝国称霸世界；盟军线从被动防御起步，爱因斯坦消失后科技受限，在苏联与帝国夹击下重组防线，联合苏联击溃帝国后，再反手击败苏联，以自由世界名义统一全球；帝国线以天皇芳郎的天命计划为核心，凭借先进机甲与超能部队突袭美苏，逐步扩张势力，虽一度占据优势，但最终在美苏夹击下战败，三条线路相互交织，展现不同阵营的战争理念与结局走向。
起义时刻苏军剧情聚焦复国抗争，战败后苏联被盟军管控，达莎率领残余势力营救被囚禁的科学家，意外发现未来科技公司的秘密实验，随后揭露该公司与欧盟总理索恩利勾结，研发西格玛协调器企图掌控世界，苏军一路突破盟军与未来科技防线，摧毁核心装置，曝光阴谋迫使盟军内部清算，为苏联复兴埋下伏笔。盟军线负责平定帝国残余叛乱，联合帝国皇太子达郎，围剿以长间晋三为首的拒降军阀，作战中解锁先锋武装战艇机、未来坦克等新单位，同时暗中调查未来科技的不法行为，维持战后秩序的同时，清理内部与外部的不稳定因素。帝国线则是内部整合与反击，天西贤治率军抵御苏军入侵，达郎借机铲除异己，试图重组帝国军力，暗中积蓄力量，等待时机摆脱盟军控制，重现帝国荣光。
百合子外传作为独立剧情，揭开旭日帝国超能力实验的黑暗内幕，百合子自幼被抓进神罗研究中心，遭受岛田真司博士的残酷改造与控制，成为战争兵器，在受尽折磨后觉醒反抗，一路突破研究中心的防御，击败同为实验体的野泉，最终手刃岛田真司，摧毁研究中心后隐入人群，完整呈现超能力士兵的悲惨命运与反抗历程。玩法层面，起义时刻新增单位强度极高，苏军化学部队、收割机甲，盟军冷冻军团、平定者，帝国钢铁浪人、超级要塞等，大幅改变作战节奏，战役中需灵活运用新单位特性，搭配原有兵种组合，攻克高难度关卡，挑战模式则提供50个特色关卡，考验多阵营战术运用能力。
