花圃玩法是桃源深处有人家的重要系统之一，需要玩家达到26级或27级才能解锁。解锁后可以在家园的第二个岛中找到花圃位置，修复后即可开始种植。花圃的主要功能包括种植花卉、育种新品种以及制作香丸等，这些活动都能提升花艺等级并解锁更多花卉种类。花艺等级越高，能够解锁的幼苗种类就越多，也能领取相应的收集奖励。
花卉种植分为四个生长阶段：种子期、幼苗期、生长期和盛放期。在种植过程中，玩家需要定期浇水、施肥来照料花朵，这些操作可以缩短花卉的生长时间。给他人花圃中的花卉浇水施肥有概率获得对方花苗的种子，每天最多可获得2个种子。花卉成熟后可以采摘，用于装饰家园或制作香丸，紫色等级的花卉还能赠送给村民增加好感度。
获取花种的途径有多种，包括在杂货铺购买基础花种、使用取苗剪复制稀有花种、通过取粉笔合成新花色等。取苗剪可在花苗阶段使用，能获得与目标花苗同品种的种子；取粉笔则用于育种，将两朵同类花进行培养可能得到新品种。育种存在概率变异，即使配方相同，添加顺序不同也会导致不同结果，这增加了培育稀有花卉的挑战性。
花圃产出主要用于制作香丸，每次制作需消耗成花和对应级别的香料。香丸分为不同品级，效果各异，能提升生产效率。优先培育稀有花色，如绣球、百合、花菱草和鸢尾等蓝色背景的品种，这些花卉合成几率较小但价值更高。
